新型コロナ全症例をゲノム解析しているアイルランドの予防対策
コロナ全症例のゲノム解析を行っているアイスランド/iStock
 先日、世界保健機関(WHO)は、変異種に対応するために、世界各国がゲノム解読に取り組む必要があると訴えた。

 だがアイスランドでは、既に10か月前から国内で報告された新型コロナウイルス感染症の全症例のゲノム解読を解析している。その目的はすべての症例を追跡し、危険な株が捜査網をすり抜けてしまうことを防ぐことだ。

 英国や南アフリカなどで危険な変異種の出現が確認されている今、この世界をリードする戦略は決定的に重要なものになるかもしれない。
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新型コロナウイルスのゲノム解読でいち早く変異種を特定

 アイスランドの首都レイキャビクにあるバイオ製薬研究機関「deCODE Genetics」では、同国保健当局の要請を受け、10か月前から国内で報告されたあらゆる新型コロナ感染症を解析している。

 ウイルスのゲノム解読は比較的短時間で完了する。

 解読にあたっては、まず電磁ビーズを使い各サンプルから余計なものを除去しつつ、DNAを取り出さねばならない。そしてこれを解読がしやすいよう処理して、シーケンサーという読み取り機で塩基配列を解読する。

 ウイルスの解読だけなら、3時間もあればいいという。DNA抽出からの全プロセスでも1.5日ほどで終わる。

 これまでdeCODE Geneticsは、アイスランドで報告された6000症例のすべてを解読し、463種の変異種(ハプロタイプ)を特定してきた。
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 こうした取り組みは、感染症の流行具合を判断する重要な指標になり、状況に応じた的確な感染防止策を講じる手助けをしてくれる。

 たとえば、昨年9月半ばから始まった感染拡大の波は、当初フランスからやってきた観光客のウイルスではないかと疑われていた。

 しかし解読結果から、実際にはパブの利用客が大きな原因になっていることが明らかになり、これを受けて保健当局は、首都にあるバーやナイトクラブの営業禁止に踏み切った。

世界をリードするアイスランドのゲノム解読

 イギリス、デンマーク、オーストラリアなど、ほかにも同じ試みを進めている国はあるが、アイスランドほどのレベルには達していない。

 日本でも先日、海外に滞在歴がなく感染者との接触も確認されていない静岡県の男女3人が英国で流行中の変異ウイルスに感染していたことが報じられた。

 これは1か所の保健所の検体を全て調べた結果明らかになったそうで、静岡県では今後全ての保健所に対して検体の分析を行うという。

 アイスランドが世界トップレベルのウイルスゲノム解読を行えているのは、「deCODE Genetics」というゲノム解読の専門機関の存在が大きい。

 1996年に設立された同研究所は、これまで最大規模の遺伝子研究を行ってきたことで知られている。

 たとえばアイスランド人2500名の全ゲノムを解読してがんのリスク因子を調べたり、同国人口の3分の1の遺伝子プロファイルを調査したり、あるいは魚のニオイに関する少々ユニークな研究もある。



 普段この研究所で扱っているのは34億組のヌクレオチドを持つ人間のゲノムだ。そうした研究に比べれば、たかだか3万程度のヌクレオチドしかない新型コロナのゲノム解読は簡単だという。
コロナウイルスのゲノム解読
iStock

変異ウイルスの違いは微妙なもの

 だが、こうした試みにもかかわらず、科学的な発見という意味ではそれほどの成果はあがっていないのが現状だ。
様々なパターンを持つ変異ウイルス同士で違いがあったとしても、それほど明白なものではありません。わざわざ取り上げるほどはっきりしたものではないのです
と、deCODE Geneticsの設立者カリ・ステファンソンは述べている。

References:Iceland Genetically Sequences Every COVID-19 Case in World-Leading Strategy/ written by hiroching / edited by parumo
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    コメント

    1

    1. ナパチャット

    • 2021年01月19日 21:55
    • ID:usIWz1dq0 #

    アメリカ「10年後にはただの風邪やで777

    2

    2. 匿名処理班

    • 2021年01月19日 22:25
    • ID:if25dZCy0 #

    肺のノロウイルスだよな

    3

    3. 匿名処理班

    • 2021年01月19日 22:27
    • ID:KEzMm.jn0 #

    鳥取より人いねーからできるだけやで。

    ※1
    OC43について調べてみろ。

    4

    4. 匿名処理班

    • 2021年01月19日 23:31
    • ID:hSWChTcx0 #

    感染拡大していつのまにか致死率が0.01%を切り最弱の風邪に
    なおワクチンで29人が死亡していたり顔面麻痺の後遺症も出てる

    5

    5. 匿名処理班

    • 2021年01月20日 00:31
    • ID:lPHksYod0 #

    SARS-CoV-2のDNAは解明されていないなんて言っていた人らに意見を聞きたい。

    6

    6. 匿名処理班

    • 2021年01月20日 03:06
    • ID:69AzNme30 #

    CovidのゲノムはDNAじゃなくてRNAなんだけどね。元記事も間違ってるね。

    ※5
    ゲノム分かってなかったらワクチンも作れないよね。

    7

    7. 匿名処理班

    • 2021年01月20日 08:42
    • ID:ulvf7BsN0 #

    >>3
    ウイルスのゲノム解析に人口は関係ありませんよ
    OC43の例を見れば、長期的な人類全体の生存戦略で考えるとそこまで悲観的ではないのはわかる
    ただ自分個人の意見としては、人類は100年以上の歳月を掛けても未知のウイルスには手も足も出ないので成り行きに任せる、と結論付けるのは、なんというか無念でならないので、研究者の方々に是非頑張ってもらいたいところだね

    8

    8. 匿名処理班

    • 2021年01月20日 12:37
    • ID:pDPohrqA0 #

    この技術でウィルスが人為的に作られたものであることが判明した
    ということにはならないか

    9

    9. 匿名処理班

    • 2021年01月20日 13:41
    • ID:69AzNme30 #

    ※8
    ならないよ。
    ただの家系図作ってるだけだから。

    家系図ができることによって、ウィルスがどのように移動しているのかがわかる。その移動は当然宿主である人の移動に依存している。

    10

    10. 匿名処理班

    • 2021年01月20日 14:14
    • ID:dNxqEHhX0 #

    >>4
    それは医療機関のおかげ、ウイルスが弱くなったのではない。馬鹿にはそれが理解できないらしい。

    医療崩壊したら死亡者は増えるよ、現に増えてるし。

    11

    11. 匿名処理班

    • 2021年01月20日 14:17
    • ID:0FA.1zRq0 #

    ※7
    人口以上の症例が出るわけないだろ。
    算数も分からんのか?

    12

    12. 匿名処理班

    • 2021年01月20日 14:23
    • ID:c4a23TTX0 #

    >>8
    それは厳しいと思うよ
    そもそも大元の遺伝子配列は、仮に研究者の意図する機能を組み込んだとして、所詮は4種類の物質のランダム配列であってどの配列がどんな作用を及ぼすかなんて把握しきれないし、開始コドンから配列を追っても結局アミノ鎖の順番が分かるだけであって、既存のタンパク質との配列の類似性から機能や立体構造を推測するしかない
    配列の解析はあくまでもウイルス由来の外来タンパク質を特定して、mRNAワクチン開発のための基礎研究と捉えるべきだろうね

    13

    13.

    • 2021年01月20日 15:35
    • ID:h.IKlmvO0 #
    14

    14. 匿名処理班

    • 2021年01月20日 19:32
    • ID:WQS.wMEj0 #

    >>10
    元より感染しても症状が出ないのが30~50%
    持病を持っていたり老人なら死ぬ可能性もあるけど
    逆に言えばそれ以外は治療しなくても死なない

    医療崩壊の恐れはコロナと診断されただけで隔離が必要でベッドを占拠する恐れがあるからで
    その場合の死人が増えるのはコロナ以外の病気の人
    まず正しい知識を持ちましょう

    15

    15. 匿名処理班

    • 2021年01月20日 19:54
    • ID:c4a23TTX0 #

    >>11
    そのとおりですね。申し訳ありませんでした。

    16

    16. 匿名処理班

    • 2021年01月20日 20:49
    • ID:lPHksYod0 #

    ※6
    ※5です。訂正感謝
    しかし陰謀論に染まった連中はどうにかならんかなぁ

    17

    17. 匿名処理班

    • 2021年01月20日 22:31
    • ID:uyE6P1UD0 #

    ※14
    死なないから平気という理解がまず大雑把
    死には至らなくても、重篤な後遺症が残るケースが多いことが確認されている(若者でも容赦なく後遺症が残る)
    さらに無症状であっても感染は広げるので、放置すれば当然感染者は増え、死者も増える
    コロナによる死者・障害者を抑えるには検査と追跡と隔離を徹底するしかない

    病床逼迫は、医療体制を拡充しつつ軽症者向けホテル等の確保を行うことで解決できる問題
    検査・隔離といった積極的な対策を否定する理由にはならない
    検査の軽視は、感染抑制に失敗してコロナ死者も医療崩壊による死者も両方増やす結果にしかならない最悪手と知るべき

    18

    18.

    • 2021年01月21日 03:45
    • ID:dkSwJ3tm0 #
    19

    19. 匿名処理班

    • 2021年01月21日 08:45
    • ID:mb2YEAo40 #

    >>14
    ウイルス性肺炎でサイトカインストーム起きるから医療リソースひっ迫して医療崩壊すんよ

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